NEW METHODS FOR THE DETECTION OF VIRUSES INFECTING RUBUS PLANTS – VERIFICATION IN DIAGNOSTIC PRACTICE
Lucie Valentová, Martina Rejlová, Radek Čmejla
VÝZKUMNÝ A ŠLECHTITELSKÝ ÚSTAV OVOCNÁŘSKÝ HOLOVOUSY s. r. o., Holovousy 129, 508 01 Holovousy
e-mail: lucie.valentova@vsuo.cz, ORCID: 0000-0002-7171-0080
VPO 30(1): 1–11, 2024
Accepted: 10. 4. 2024
Published: 7. 5. 2024
ABSTRAKT
Viry infikující rostliny rodu Rubus se řadí mezi patogeny, které mohou pěstitelům způsobovat významné hospodářské ztráty. Protože není k dispozici účinná léčba, je nutné vysazovat zdravý rozmnožovací materiál, a tím tak preventivně zabránit jejich šíření. Pro testování rostlinného materiálu rodu Rubus byly v multiplexním uspořádání vyvinuty detekční systémy na principu real-time PCR pro diagnostiku známých virů black raspberry necrosis virus (BRNV), raspberry ringspot virus (RpRSV), raspberry bushy dwarf virus (RBDV), strawberry latent ringspot virus (SLRSV), Rubus yellow net virus (RYNV) a nově objevených virů raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) a raspberry enamovirus 1 (RaEV1). Cílem práce bylo ověřit funkčnost těchto systémů na vzorcích pocházejících z živých rostlin a z výsledků testování vyhodnotit zastoupení jednotlivých virů v pěti kategoriích, které odpovídaly různému původu vzorků získaných na území České republiky. Z výsledků testování vyplývá, že z celkového počtu 297 testovaných vzorků byla v 72 % rostlin prokázána infekce buď jediným virem nebo koinfekce více virů. Nejčastěji vyskytujícím se virem byl RYNV, který byl nalezen v 51 % testovaných rostlin.
Klíčová slova: rostlinné viry, multiplex real-time PCR, přenos virů, maliník, ostružiník
ABSTRACT
Viruses infecting plants of the genus Rubus are among the pathogens that can cause significant economic losses to growers. As there is no effective treatment, it is necessary to plant healthy propagation material to prevent their spreading. To test plant material of the genus Rubus, real-time PCR-based multiplex detection systems have been developed for the diagnostics of known viruses: black raspberry necrosis virus (BRNV), raspberry ringspot virus (RpRSV), raspberry bushy dwarf virus (RBDV), strawberry latent ringspot virus (SLRSV), Rubus yellow net virus (RYNV); and the newly discovered raspberry rubodvirus 1 (RaRV1) and raspberry enamovirus 1 (RaEV1). The aim of the work was to verify the functionality of these systems on samples from living plants and to evaluate the presence of each virus in five categories corresponding to different origins of samples obtained in the Czech Republic. The results of the testing show that out of a total of 297 samples tested, 72 % of the plants were found to be infected with either a single virus or co-infected with multiple viruses. The most frequently occurring virus was RYNV, which was found in 51 % of the plants tested.
Keywords: plant viruses, multiplex real-time PCR, virus transmission, raspberry, blackberry
